Trong Quyết định 51 ngày 11/3/2005, Thủ tướng chính phủ đã phê duyệt kế hoạch tổng thể phát triển Khu Kinh tế Vịnh Vân Phong thành một trung tâm kinh tế quan trọng với một kho xăng dầu và bãi container lớn đến năm 2020. Giai đoạn đầu tư thứ nhất sẽ được phê duyệt 100 triệu đô la để phát triển đường bộ, một cầu tàu 600 mét, khu chứa, kho ngoại quan và nâng cấp mạng điện. Giai đoạn tiếp theo xây 41 cầu tàu có thể xếp dỡ 17 triệu TEU/năm trước 2020.

Vào ngày 9/12/2007, Công ty liên doanh TNHH Kho xăng dầu ngoại quan Vân Phong đã khởi công xây dựng kho xăng dầu ngoại quan Vân Phong tại khu kinh tế Vân Phong, với tổng vốn đầu tư trên 170 triệu đô la Mỹ, chia thành 2 giai đoạn với tổng dung tích chứa của kho lên 1 triệu m3, dự kiến năm 2011 sẽ đưa vào hoạt động, 29 bể chứa các sản phẩm xăng và dầu, hệ thống 4 cầu cảng có thể tiếp nhận tàu trọng tải lên đến 150.000 tấn.

Ngoài ra, Công ty Cổ phần Đầu tư & Phát triển Vân Phong cũng đã được thành lập để huy động đầu tư và triển khai các dự án.